יפן מורכבת מיותר מ-6,000 איים, אך "רק" 431 מהם מיושבים. ארבעת האיים הגדולים מהווים 96.8% משטחה הכולל של יפן ו-98.9% מהאוכלוסייה היפנית.
האי הגדול, המאוכלס והעשיר ביותר ביפן הוא הונשו, האי השביעי בגודלו בעולם. 103 מיליון בני אדם שחיים בשטח דומה בגודלו לבריטניה. בדרום האי נמצאת למעשה רוב הכלכלה היפנית שכן רוב הערים היפניות הגדולות נמצאות שם.
(טיול "פריחת הדובדבן" ביפן סובב את האי הונשו).
מצפון להונשו שוכן הוקאידו, השני בגודלו ביפן אך עם אוכלוסייה של כ-5 מיליון בני אדם בלבד. האי אינו צפוף בשונה מאזורים אחרים ביפן, ולמעט תעשייה קלה, רוב פרנסת התושבים מצויה במגזרי השירותים והחקלאות. האקלים קר והחורפים מושלגים, ולכן למרות שהאוכלוסייה מתמעטת בהוקאידו יותר מהר מבכל מקום אחר ביפן ישנם נופים יפהפיים והרבה מקומות יפים לטייל בהם.
קיושו, האי הפעיל ביותר ביפן מבחינה געשית, ושיקוקו , היחיד שאין בו הרי געש משלימים את רשימת ארבעת האיים. אולם למרות שכמעט ו"אין יפן" מחוץ לארבעת האיים הללו, מבחינת שטח ואוכלוסייה, עדיין ישנם כמה איים מעניינים ביפן.
- איצוקושימה, מכונה גם מיאג'ימה או אי המקדשים, מפורסם בשל המקדשים הרבים הנמצאים בו ובראשם מקדש איצוקושימה שנבנה לראשונה במאה ה-6, ומאז נהרס ונבנה כמה פעמים. המקדשים באי לא נמצאים שם לחינם – האי נחשב לקדוש והיה אסור בכניסה לפשוטי העם במשך דורות רבים. לכן המקדש המפורסם נבנה כמעין מזח כדי לאפשר לעלות אליו לרגל בלי לדרוך באי עצמו. בשל כך אוכלוסיית האי אינה מונה יותר מ-2,000 תושבים כיום, למרות שהאי הוא אתר עלייה לרגל ומוקד משיכה לתיירים. מאז שנת 1878, במגמה לשמור על טהרתו של האי, נאסרו מיתות או לידות ליד המקדש. עד היום נשים הרות או קשישים שאינם בקו הבריאות לא נמצאים באזור המקדש. כמו כן ישנו איסור לקבור באי. במיאג'ימה ניתן למצוא מקדשים נוספים וכן פאגודה בת חמש קומות.
- אי הרפאים – האי שכיכב בסרט ג'יימס בונד משנת 2012, סקייפול, שימש בעבר כמה אלפי כורי פחם שהתגוררו באי. אולם עם המעבר לשימוש בנפט הפכה התעשייה הזאת למיותרת והאי ננטש. כיום ניתן להסתובב בין המבנים הנטושים ולהתרשם ממה שהיה.
- טאשירוג'ימה – אי החתולים שבו לכלבים הכניסה אסורה ולעומת זאת הוא שורץ חתולים, וישנו אף מקדש עבור החתולים.
- יאיאמה (yaeyama) – הוא אי בדרום הרחוק של יפן שהתברך בחולות לבנים ונראה כמו משהו שאפשר למצוא בקאריביים. בתפריט ריף אלמוגים, דולפינים, צבי ים, לווייתנים, כרישים ועוד.
- מיאקה-ג'ימה הוא אי שבו שוכן הר געש פעיל ביותר הר אויאמה, שאוהב לשחרר מעת לעת גזים רעילים לאטמוספירה. המשמעות היא שתושבי האי חייבים להסתובב עם מסיכות גז כל הזמן, וכשרמות הרעל עולות לרמה מסוכנת, אזעקה מייללת ברחבי העיר ומורה לתושבים לחבוש את המסיכה. ממש ישראל 1991.
- אוקינאווה – היכן שהוא מתחבא באי מעיין הנעורים. אחרת לא ניתן להסביר כיצד חיים בממוצע 34.7 בני 100 או יותר לכל 100 אלף תושבים, פי 5 יותר מהשיעור ביפן כולה, שהיא המדינה הזקנה בעולם מבחינת תוחלת החיים וגיל תושביה. אולי גם העובדה שהם חיים על דגים וטופו מסייעת לתוחלת החיים הארוכה.
- יאקושימה – האי נמצא בדרום יפן והוא מציג נוף עוצר נשימה בשל תופעה מרתקת כל כך, עד שזכתה להגדרתה כאתר מורשת עולמי בשנת 1993– יערות גשם מוריקים.
- איי בונין – זכו לא מכבר לכינוי הגאלאפאגוס של המזרח, בזכות עושר החיות והצמחים שעל האי כולל עטלף ענקי שנמצא בסכנת הכחדה.
