איי גלפגוס מהווים יעד מבוקש למסע בלתי נשכח במשך כל ימות השנה. אך היות ומדובר באיים טרופיים השוכנים באוקיינוס השקט באזור קו המשווה, הרי שהשנה נחלקת לשתי עונות מרכזיות – יבשה ורטובה. בכל עונה ניתן להבחין בתופעות טבע ייחודיות ומעניינות לאותה עונה המשפיעות על התנהגות בעלי החיים.
איי גלפגוס שוכנים אמנם על קו המשווה אך אינם "מתנהגים" כאיים טרופיים קלאסיים: מיעוט גשמים, יובש יחסי וצמחיה דלילה יחסית. כל זה בגלל זרם הומבולדט .

הגורם העיקרי שמשפיע על הצמחייה ועל בעלי החיים באיים הוא זרם ההומבולדט, זרם ימי קר באוקיינוס השקט היוצר מערכת אקולוגית פורייה להפליא.

העונה החמה
זו גם העונה (יחסית)הגשומה באיי גלפגוס הנמשכת בין החודשים דצמבר – מאי. מדובר בעונה שטופת שמש, כשטמפרטורת המים היא בסביבות 25 מעלות והנראות מתחת למים טובה במיוחד. העונה הזו מצוינת לצלילה ולשנורקלינג, כיוון שהמים חמימים והים רגוע.
בעונה החמה, בין החודשים מרץ – אפריל, תיחשפו לדפוסי התנהגות מרתקים ובעיקר לדפוסי הזדווגות. ריקוד החיזור של הסולה כחולת הרגל וקינון של נקבות איגואנות ימיות.
ינואר ופברואר נחשבים חודשים מצוינים לביקור באיים למי שרוצה לראות בזמן אמת את הצבים ממטילים את ביציהם על החוף.
בחודשים מרץ, אפריל ומאי, הפרחים מתחילים לפרוח באיים והאוקיינוס רגוע במיוחד ולכן קל יותר לשוט וליהנות מתפאורה מהפנטת של גוונים בהירים וקסומים.

העונה היבשה
זו העונה הקרירה של איי גלפגוס (המכונה גם Garua). היא נעה בין החודשים יוני – נובמבר.  מאופיינת בערפל ורוחות. זרם ההומבולדט עושה את דרכו לאיים מהקצה הדרומי של דרום אמריקה ומביא עמו מים קרים ומזג אוויר קריר. מצד שני, הזרם הקר מזין את המים בחומרים עשירים ולכן,  מושך דגים ועופות שקשה לראות בתקופות אחרות. בעונה זו יונקי הים והציפורים פעילים מאוד.
העונה היבשה מתאימה לצוללנים מנוסים שאינם חוששים מהמים הקרים ושווה להעז, כיוון שהמים הקרים מושכים יותר יצורי ים, במיוחד כריש פטיש ולכן, עולים הסיכויים לראות כרישים ביניהם את כריש הלווייתן האגדתי המופיע בעיקר באיים וולף ודרווין. התכוננו לכך שטמפרטורת המים היא בסביבות 22 מעלות ואף פחות מזה.
אוגוסט הוא חודש נהדר למי שרוצה לראות תינוקות של אריות ים שנולדים בחודשי הקיץ ובנובמבר כבר הופכים לגורים שובבים ששוחים במים להנאתם.

חשוב לדעת שהחודשים העמוסים ביותר לטיול באיי גלפגוס הם יוני, יולי ואוגוסט וכן דצמבר עד אמצע ינואר. בתקופות מבוקשות אלה התעריפים של המלונות והסיורים יהיו גבוהים במיוחד.  אך יש סיכוי גבוה יותר שבשל תנאי מזג האוויר הנוחים יתקיימו הסיורים כסדרם.
מלבד זאת, יש לשים לב שהן בעונה היבשה והן בעונה הרטובה תנאי מזג האוויר משתנים מאי לאי ובעוד ישנם איים דלילים במשקעים הרי שבאחרים יורדים גשמים כבדים. מומלץ לעקוב אחר התחזית.

זרם הומבולדט משפיע גם בעונה "החמה" שאם לא כן הטמפרטורות של המים והסביבה היו גבוהות יותר והאיים היו טרופיים.